Paz. Segunda Guerra Civil. Ejecución de Carlos I (1646-1649)

El Parlamento estaba dividido en episcopalianos, presbiterianos e independientes. Los episcopalianos tenían la mayoría y pretendían una organización religiosa de arriba abajo, a partir de los obispos. Los presbiterianos deseaban organizar la Iglesia de abajo arriba, a partir de congregaciones, con un papel importante para los laicos. Los independientes se oponían a los presbiterianos.
En 1646 se reformó la Iglesia de Inglaterra de acuerdo con principios presbiterianos, según había acordado el Parlamento con los escoceses, pero el pueblo siguió practicando los ritos anglicanos tradicionales que conocía.
El pueblo reclamó la reducción de impuestos y la desmovilización del Ejército, en el que fue penetrando un movimiento radical, que se opuso a la arbitrariedad del Parlamento y a los presbiterianos.
En diciembre de 1646 la City de Londres solicitó al Parlamento la disolución del Ejército. En febrero y marzo de 1647 se redujeron las atribuciones del Ejército, al mismo tiempo que seguía sin recibir sus pagas. Cuando el Parlamento pretendió desmantelar la infantería, el Ejército tomó la iniciativa. En junio apresó a Carlos I. Oliver Cromwell se erigió en líder de los militares. En agosto de 1647, el Ejército presentó al Rey un Catálogo de Propuestas, que fue rechazado.
En noviembre de 1647, Carlos huyó. En diciembre firmó un compromiso con los escoceses, en el que aceptaba establecer el presbiterianismo en Inglaterra a cambio de ayuda militar.
Entre abril-junio de 1648 se sucedieron las sublevaciones contra el Parlamento en Inglaterra, pero fueron controladas por el Ejército. Cromwell derrotó a los escoceses en julio e invadió Escocia.
Un pequeño grupo del ejército estaba convencido de la imposibilidad de llegar a un acuerdo con Carlos I, pero el Parlamento era partidario de negociar. El golpe militar instigado por Cromwell, organizado por el general Henry Ireton y llevado a cabo por el coronel Thomas Pride purgó el Parlamento, de modo que solo quedaron algunos miembros, en lo que se conoció como Parlamento Residual o Rump.
El Rump nombró un Tribunal que acusó a Carlos de traidor. Fue decapitado el 30 de enero de 1649.